InnoDBのタイムアウトを延長
デフォルトが50秒(5.6.26)で、それを超える時間がかかるクエリは以下のエラーが出て中断されるようです。
Lock wait timeout exceeded; try restarting transaction
全件一気にアップデートするような場合はタイムアウトになると困るので、以下のように一時的に時間を延ばすことが可能です。
SET SESSION innodb_lock_wait_timeout = 1200
参考URL
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